Der Präsident der Kommission entscheidet darüber, für welche Politikfelder die einzelnen
Kommissionsmitglieder verantwortlich sind. Er kann diese Zuständigkeiten während der Amtszeit der Kommission gegebenenfalls neu verteilen. Er kann ein Kommissionsmitglied außerdem zum Rücktritt auffordern.
Das Team der 27 Kommissionsmitglieder („Kollegium“) kommt einmal wöchentlich – meist mittwochs in Brüssel – zusammen. Die einzelnen Tagesordnungspunkte erläutert das jeweils zuständige Kommissionsmitglied, bevor das gesamte Kollegium gemeinsam einen Beschluss dazu fasst.
Das Personal der Kommission arbeitet in Verwaltungseinheiten, die als „Generaldirektionen“ (GD) oder „Dienste“ (z. B. Juristischer Dienst) bezeichnet werden. Jede GD ist für einen bestimmten Politikbereich zuständig, etwa für den Handel oder den Wettbewerb. Die Leitung übernimmt ein Generaldirektor. Dieser rechtfertigt sich gegenüber einem Kommissionsmitglied.
In der Praxis arbeiten die Generaldirektionen die Vorschläge für Rechtsakte aus. Offiziellen Status erlangen sie allerdings erst, nachdem das Kollegium sie gebilligt hat.
Ein Beispiel:
Nehmen wir einmal an, die Kommission sieht Bedarf für einen europäischen Rechtsakt, um die Verschmutzung europäischer Flüsse einzudämmen.
Die GD hält umfassend Rücksprache mit Industrie und Landwirtschaft, Umweltministerien der Mitgliedstaaten und Umweltorganisationen. Danach arbeitet die GD Umwelt einen Vorschlag aus. Damit Einzelpersonen – entweder im eigenen Namen oder im Namen einer Organisation – ihre Meinung dazu äußern können, finden zu vielen Vorschlägen öffentliche Konsultationen statt.
Alle betroffenen Kommissionsabteilungen befassen sich mit dem vorgeschlagenen Rechtsakt. Bei Bedarf werden Abänderungen vorgenommen. Anschließend prüft der Juristische Dienst den Vorschlag.
Sobald der fertige Vorschlag vorliegt, setzt der Generalsekretär der Kommission ihn auf die Tagesordnung einer Kommissionssitzung. Auf dieser Sitzung erläutert das für Umweltfragen zuständige Kommissionsmitglied dem Kollegium, warum der Rechtsakt vorgeschlagen wurde. Kommt es in der anschließenden Aussprache zu einer Einigung, nimmt das Kollegium den Vorschlag an und leitet ihn zur Stellungnahme an den Rat und das Europäische Parlament weiter.
Bei Uneinigkeit im Kollegium kann der Präsident eine Abstimmung beantragen. Befürwortet die Mehrheit den Vorschlag, wird dieser angenommen. Sämtliche Kommissionsmitglieder tragen ihn mit.